Už len polygonálne presbytérium je dôkazom existencie špitálskeho kostola zo začiatku 14. storočia v Banskej Bystrici. V 18. storočí na mieste pôvodnej lode postavili nový chrám v smere sever – juh a z gotickej svätyne sa stala bočná kaplnka. Kostolík sv. Alžbety postavili v roku 1303 ako súčasť mestského špitála. Išlo o menšiu ranogotickú stavbu s polygonálnym presbytériom. To okolo polovice 15. storočia zaklenuli krížovou rebrovou klenbou, ktorej prípory s kalichovými hlavicami sú štýlovo blízke tým v kostole v Slovenskej Ľupči. V roku 1605 celý špitál aj s kostolom vyhorel, čo viedlo k výraznej prestavbe v roku 1748. Vtedy postavili v podstate nový jednoloďový kostol s oválne ukončeným presbytériom orientovaným v smere sever – juh. Z gotického objektu bola pri tom využitá polygonálna svätyňa, sakristia a severná stena lode. Svätyňa sa stala bočnou kaplnkou zasvätenou, po novom, sv. Anne. Kostolík získal súčasnú podobu v roku 1877 pri neogotickej prestavbe, v rámci ktorej bolo okrem iného vytvorené nové priečelie s dvoma oknami po stranách nového vstupu. Zo stredovekej stavby sa okrem hrubej stavby presbytéria a jej klenby zachovali aj víťazný oblúk a jedno okno s lomeným oblúkom. V súčasnosti kostolík spravuje Misijná spoločnosť sv. Vincenta de Paul.